Funakoshi bị viêm xương khớp vào năm 1948 và qua đời vào ngày 26 tháng 4 năm 1957.

Sau khi Master Funakoshi qua đời ngày 26 tháng 4 năm 1957 tại Tokyo, theo nguyện vọng của con trai lớn của Master Funakoshi, Giei, Shotokai (người cao niên là Genshin Hironishi và Shigeru Egami) sẽ tiến hành tang lễ. Hiệp hội Karate Nhật Bản JKA / Kyokai do Masatoshi Nakayama dẫn đầu đã phản đối rằng họ nên là người tiến hành tang lễ. Không có thỏa thuận nào có thể đạt được và JKA / Kyokai đã tẩy chay đám tang. Điều này tạo ra một sự rạn nứt trong hệ phái Shotokan tiếp tục cho đến hiện tại.